Eso depende de la codificación de caracteres que estén usando tanto las personas con las que hablas como tú mismo.
Normalmente las personas que usan Linux usan una codificación diferente a la de Windows y por lo tanto, los caracteres especiales no se leen bien entre unos y otros. La manera de solucionar esto, es o bien que tú uses la codificación de ellos, o que ellos usen la tuya.
Windows usa por defecto la codificación ISO-8859-1 o también Latin1, mientras que en Linux por defecto se usa UTF-8. En mIRC no se puede seleccionar la codificación de caracteres, aunque hay algunas opciones que deberían servir para soportar UTF8, no recuerdo exactamente dónde. En cambio, casi todos los programas cliente de IRC de Linux, permiten seleccionar la codificación de caracteres.
Asumo que tú usas Windows. ¿Tus propios mensajes tampoco los ves con ñ o con tildes? ¿Absolutamente todos los demás usuarios que te escriben, te sale mal la ñ o las tildes, o sólo en algunos?