No es que no te lo reconozca, es solo que el bot te ignora, pueden ser muchas cosas, desde que el bot este recién iniciando, que no estén las flags o configuración en los tcl's según correspondan o simplemente el bot te tenga en ignore, bastaría ver esto con el comando de .ignore, o usando un comando desde privado en la network como un save o rehash, ejemplos
/msg tubot save Tucontraseña
/msg tubot rehash Tucontraseña
una opción para ver que esta sucediendo es por medio del parámetro -n al lanzar el bot, te dará un debug de las cosas que pasan y podrás verificar visualmente si te lee o no, ejemplo
./eggdrop -n ElArchivoDeTuBot.conf
Saludos.